Für ihre Vorgängerkirche St. Peter und Paul, eine hochgotische Augustinerklosterkirche aus dem 14. Jahrhundert, lieferten 1843 Carl und Franz Heinrich Stumm eine Orgel. Vor dem Abriss und dem Neubau der heutigen Kirche wurde sie an die Katholische Kirchengemeinde in Lisdorf verkauft. In der Datierung des Folgenden weichen die Quellen leicht voneinander ab: In ihrer historischen Substanz, die weitgehend erhalten ist, geht die Orgel zurück auf das Jahr 1871/1878, als die Trierer Orgelbauwerkstatt Breidenfeld ein einmanualiges Instrument mit 19 Registern lieferte. 1883/1884 wurde das Breidenfeld-Instrument durch Dahlstein-Haerpfer aus Boulay um ein zweites Manual und acht weitere Register erweitert. Nach einigen zum Teil kriegsbedingten Veränderungen stellte 1994/95 Hugo Mayer Orgelbau aus Heusweiler die historische Substanz wieder her. 

Der gebürtige Wallerfanger Konzertorganist und Kantor Andreas Cavelius spielte auf der Orgel 2003 eine CD ein. 

Boßmann, Manfred: Festbuch zum 25. Jahrestag der Lisdorfer orgelweihe, Saarlouis 2012; Franziskus, Anton: Katholische Pfarrkirche St. Katharina Wallerfangen, München 1981.